DNA Marker Exercise

Program ćwiczeń z przedmiotu do wyboru
1. Zasady BHP w laboratorium. Excel – wczytywanie danych genotypowych z plików o różnych formatach, prezentacja oraz graficzne przedstawianie danych.
2. Wykorzystanie pakietu Excel do sprawdzania poprawności danych genotypowych, przekształcania danych oraz zapisywanie ich w pożądanej formie i formacie pliku.
3. Wykorzystanie pakietu Excel do przeprowadzania obliczeń na podstawie danych genotypowych.
4. Zasady pracy za pomocą wiersza poleceń. Wprowadzenie do obsługi programu MULTI-QTL. Analiza przykładowego pliku wejściowego i wynikowego. Przygotowanie danych do analizy wykonywanej za pomocą programu MULTI-QTL.
5. Praca z programem MULTI-QTL - analiza sprzężeń z wykorzystaniem pojedynczych markerów genetycznych. Zapisywanie i analizowanie plików wynikowych.
6. Praca z programem D-Scan – analiza sprzężeń w formie graficznej. Analiza otrzymanych wyników oraz ich zapisywanie.
7. Wprowadzenie do obsługi programu D-Scan. Analiza przykładowych plików wejściowych i wynikowych.
8. Przygotowanie danych do analizy wykonywanej za pomocą programu Zero-Scan.
9. Analiza sprzężeń z wykorzystaniem bloków haplotypowych. Zapisywanie i analizowanie plików wynikowych.
10. Wprowadzanie danych genotypowych do analizy.Obliczanie nierównowagi sprzężeń z zastosowaniem na podstawie danych genotypowych.