Bioinformatyka weterynaryjna - Veterinary Bioinformatics

Nazwa przedmiotu: Bioinformatyka weterynaryjna - Veterinary Bioinformatics
Typ Przedmiotu: Przedmiot fakultatywny.
Rok Studiów, kierunek, semestr: III lic oraz I, II, mgr
Liczba punktów, ECTS: 45h Pkt ECTS 3/Z
Całkowity nakład pracy studenta/słuchacza studiów podyplomowych/uczestnika kursów dokształcających:
1. Godziny realizowane z udziałem nauczycieli: 45 Godz.
- wykłady: 15 Godz.
- zajęcia laboratoryjne: 30 Godz.
2. Czas poświęcony na pracę indywidualną studenta : 45 Godz.
- Przygotowanie do egzaminu/kolokwium/referatu i prezentacjo/aktywność: 20 Godz.
- Przygotowanie do sprawdzianów: 20 Godz.
- Udział w konsultacjach: 5 Godz.
Łącznie: 90 Godz.

Treści merytoryczne przedmiotu:
SYLLABUS:
Skrócony opis przedmiotu:
Celem przedmiotu jest zapoznanie studentów z technikami wykorzystywanymi w diagnostyce molekularnej, w tym mutacji i polimorfizmów genetycznych. Dzięki poznaniu zaawansowanych metod diagnostyki genetycznej studenci lepiej rozumieć będą proces diagnostyki chorób genetycznych. W przyszłej pracy zawodowej z większą pewnością kierować będą także swoich pacjentów na badania pod kątem schorzeń genetycznych ze względu na znajomość nie tylko podłoża genetycznego chorób, ale i technik wykorzystywanych do ich diagnozowania. Umiejętność analizy baz danych pozwoli im na samodzielną interpretację wyników badań i podjęcie właściwych działań terapeutycznych.
Pełny opis przedmiotu:
(1). Wprowadzenie do genomiki funkcjonalnej - cel, zakres zastosowań i ograniczenia w weterynarii:
(2). Techniki sekwencjonowania genomu oparte na DNA i RNA u zwierząt domowych: sekwencjonowanie DNA (DNA-seq), sekwencjonowanie RNA (RNA-seq), sekwencjonowanie epigenomu (ChIP-seq, metyl-seq), u bydła, trzody chlewnej, owiec, kóz, koni, drobiu, psów i kotów.
(3). Wprowadzenie do analizy genomiki funkcjonalnej u bydła, trzody chlewnej, owiec, kóz, koni, drobiu, psów i kotów: wprowadzenie do analizy genomu, transkryptomu i epigenomu u bydła, trzody chlewnej, owiec, kóz, koni, drobiu, psów i kotów.
(4). Wstęp do bioinformatyki weterynaryjnej: cel, zakres zastosowań i ograniczenia bioinformatyki weterynaryjnej w naukacyjnych weterynarii. Wprowadzenie i biologiczne bazy danych bydła, trzody chlewnej, owiec, kóz, koni, drobiu, psów i kotów.
(5). Zasoby internetowe genomu zwierząt domowych. Baza danych sekwencji FASTA dla zwierząt domowych: bydła, trzody chlewnej, owiec, kóz, koni, drobiu, psów i kotów.
(6). Narzędzia bioinformatyczne dla zmienności genetycznych u zwierząt domowych: bazy danych SNP, bazy danych mutacji, bazy markerów genetycznych i mikrosatelitarnych, baza ekspresji genów, baza danych GenBank, narzędzia do wizualizacji SNP i mutacji.
(7). Genomy referencyjne dla zwierząt domowych: Genomy referencyjne i projekty genomów bydła, trzody chlewnej, owiec, kóz, koni, drobiu, psów i kotów.
(8). Zrównoważenie genomu u zwierząt domowych: mapowanie genomu bydła, trzody chlewnej, owiec, kóz, koni, drobiu, psów i kotów
(9). Analiza genomu i genomika porównawcza u zwierząt domowych: analiza porównawcza genomu bydła, trzody chlewnej, owiec, kóz, koni, drobiu, psów i kotów.
(10). Zasoby NCBI dotyczące sekwencjonowania genomu zwierząt domowych: przesyłanie sekwencji do baz danych NCBI, przeszukiwanie baz danych sekwencji za pomocą podstawowego narzędzia wyszukiwania lokalnych dopasowań (BLAST), metody FASTA i BLAST do przeszukiwania baz danych, programy związane z BLAST, anatomia genomu, składanie sekwencji i identyfikacja genów, klasyfikacja funkcjonalna genów, przewidywanie funkcji genów na podstawie analizy złożonej.
Obowiązkowe seminarium studenckie na temat: „Moje własne projekty badawcze pod tytułem: Bioinformatyka weterynaryjna”.
Literatura:
1. Materiały własne oraz strona internetowa: www.genomics-lab.com
2. Essential Bioinformatics: Jin Xiong (EN version)
3. Podstawy bioinformatyki, Przekład po redakcją naukową Janusza Bujnickiego (PL version)
4. Bioinformatics: by Baxevanis AD and Ouellette FF (EN version)
5. Podstawy Bioinformatika: Podręcznik do analizy genów i białek, A.D. Baxevanis(red.), B.F.F. Ouellette(red.), rok: 2005, Tłumaczenie: M. Cebrat, J. Leluk, P. Mackiewicz (PL version)
6. Functional Genomics: Methods and protocols, Edited by Brownstein M.J., Khodursky A.B.,
7. Bioinformatics and Functional Genomics. Edited by J. Pevsner, First edition, 2003 and second edition, 2009.

Linked to microarray Lecture

Cancer:

Basic Molecular Biology

Basic Biology:

Molecular Biology and Cancer Introuction

Biomarkers/Biologic Predictors of Disease Progression:

Cancer Biology and Cancer Medicine:

Part 1 of 6 Antibody based Biomarker Discovery in Cancer Research

Part 2 of 6 Antibody based Biomarker Discovery in Cancer Research

Part 3 of 6 Antibody based Biomarker Discovery in Cancer Research

Part 4 of 6 Antibody based Biomarker Discovery in Cancer Research

Part 5 of 6 Antibody based Biomarker Discovery in Cancer Research

Part 6 of 6 Antibody based Biomarker Discovery in Cancer Research

Biomarkers in clinical research: What does it mean and how do I prepare?

Metabolic Disease Prevention: Nutrient Biomarker Study:

DCRI Biomarker Compendium

DCRI Clinical Trials Biomarker RFA:

Challenges for Drug Discovery in a Postgenomic World:

Repairing DNA: Our Best Defense Against Cancer:

Molecular Profiling Diagnostics for Breast Cancer:

Gene expression profiling and development of biomarkers:
Genomics TV:
Lecture 1: National Human Genome Research Institute Director's Report to National Advisory Council, 9/13/10:
http://www.youtube.com/watch?v=fgVXn0iwwq8
Lecture 2: Introduction to 1000 Genomes Tutorial
http://www.youtube.com/watch?v=r3MyWWdWNSI
Lecture 3:Description of the 1000 Genomes data
http://www.youtube.com/watch?v=hKb2uh19kmI
Lecture 4: (1) Sequencing Human Genomes Circa 2010 (2) Clinical Annotation of Genomes:
http://www.youtube.com/watch?v=_vYOrz3Qu7o
Lecture 5: The Human Genome: A Decade of Discovery, Creating a Healthy Future (PM Session - Part 2):
http://www.youtube.com/watch?v=wfYYo1ASt2Y
Lecture 6: Focusing Genomics on Human Genetics
http://www.youtube.com/watch?v=uDJEq8j1Ul4
Lecture 7: Measurement of Genetic Exposure
http://www.youtube.com/watch?v=81J7p-HmZ3M
Lecture 8: Applications of Genetic Tools to Clinical and Translational Research
http://www.youtube.com/watch?v=X7sp1RrZLgs
Lecture 9: Course Overview and Introduction: The Biologic Basis for Analysis of Genetic Variants:
http://www.youtube.com/watch?v=J94RJSARUUw
lecture 10: Global Analysis of Transcriptional Regulation in Humans:
http://www.youtube.com/watch?v=EidTp61hQwY
Lecture 11: Webinar: The Long and Short of It: Finding Genes for Complex Traits In the Domestic Dog:
http://www.youtube.com/watch?v=jFixUxxkwu0
Lecture 12: Receiving and Distributing Genotype, Phenotype and Exposure Data in GWA Studies:
http://www.youtube.com/watch?v=-UljtP54Mb0
Letcure 13: Adventures in the Cancer Genome
http://www.youtube.com/watch?v=8rob8xeBpVE
Lecture 14: Common Disease Findings:
http://www.youtube.com/watch?v=UfVwCBXJZLA
lecture 15:Webinar: Planning for the Future of Genomics
http://www.youtube.com/watch?v=FXpDLH8s6Kk